@@ Line 1: / Line 1: @@
+<!--== Thermodynamik in der Strukturbiologie (BPC I) ==
+-19. Januar 2022
+* Vorlesung ''Mikroskopische Bewegung—makroskopische Thermodynamik'' ([[Media:210118_HandoutTD.pdf‎|PDF]])
+* Aufgaben ([[Media:210118_Aufgaben.pdf‎|PDF]])
+* Lösungen Aufgaben 1-2 ([[Media:210118_LoesungenAufgaben12.pdf‎|PDF]])
+* Lösungsblatt ([[Media:210118_Loesungsblatt.pdf‎|PDF]], [[Media:210118_Loesungsblatt.docx|Word]])
+* Lösungsblatt Ergebnisse ([[Media:210120_LoesungsblattErgebnisse.pdf‎|PDF]])
+* Simulationen Aufgabe 5 ([[Media:210120_SimulationenAufgabe5.zip|ZIP]])
+* Simulationen Aufgabe 6 ([[Media:210120_SimulationenAufgabe6.zip|ZIP]])
+* Simulationssoftware CARNOT für [[Media:carnot-2.1-win.zip|Windows]], [[Media:carnot-2.1-mac.zip|MacOS]], [[Media:carnot-2.1-linux.zip|Linux]]
+-20. Januar 2021
+* Vorlesung ''Mikroskopische Bewegung—makroskopische Thermodynamik'' ([[Media:210118_HandoutTD.pdf‎|PDF]])
+* Vorlesung ''Einführung in die Simulationssoftware Carnot'' ([[Media:210118_HandoutCarnot.pdf‎|PDF]])
+* Aufgaben ([[Media:210118_Aufgaben.pdf‎|PDF]])
+* Lösungen Aufgaben 1-2 ([[Media:210118_LoesungenAufgaben12.pdf‎|PDF]])
+* Lösungsblatt ([[Media:210118_Loesungsblatt.pdf‎|PDF]], [[Media:210118_Loesungsblatt.docx|Word]])
+* Lösungsblatt Ergebnisse ([[Media:210120_LoesungsblattErgebnisse.pdf‎|PDF]])
+* Simulationen Aufgabe 5 ([[Media:210120_SimulationenAufgabe5.zip|ZIP]])
+* Simulationen Aufgabe 6 ([[Media:210120_SimulationenAufgabe6.zip|ZIP]])
+* Simulationssoftware CARNOT für [[Media:carnot-2.1-win.zip|Windows]], [[Media:carnot-2.1-mac.zip|MacOS]], [[Media:carnot-2.1-linux.zip|Linux]]
+-22. Januar 2020
+* [[Media:200120_Aufgaben1-6b.pdf‎|Aufgaben]]
+* [[Media:200120_BPCIThermodynamikStatistischeMechanik.pdf‎|Vorlesung Mikroskopische Bewegung—makroskopische Thermodynamik]]
+* [[Media:carnot-1.3.zip|Simulationssoftware]]
+* [[Media:200120 LoesungenAufgaben1.pdf|Lösungen Aufgabe 1]]
+* [[Media:200120 LoesungenAufgaben1-2.pdf|Lösungen Aufgaben 1-2]]
+* [[Media:200122 ErgebnisseAufgabe5.pdf|Ergebnisse Aufgabe 5]]
+* [[Media:200122 ErgebnisseAufgabe6.pdf|Ergebnisse Aufgabe 6]]
+-23. Januar 2019
+* [[Media:190121_BPCIThermodynamikStatistischeMechanik.pdf‎|Vorlesung Mikroskopische Bewegung—makroskopische Thermodynamik]]
+* [[Media:190121_Aufgaben.pdf‎|Aufgaben]]
+* [[Media:carnot-1.2.zip|Simulationssoftware]]
+* [[Media:190123 Loesungen Aufgaben 2.3-3.2.pdf|Lösungen Aufgaben 2.3-3.2]]
+* [[Media:180122_BPCIThermodynamikStatistischeMechanik.pdf‎|Thermodynamik und Statistische Mechanik]], 22/24. Januar 2018
+* [[Simulation Setup]], 22/24. Januar 2018
 == Biophysikalische Chemie IV (BPC IV) ==
+* [[Media:201207_BPCIVVorlesungNMRStrukturbestimmung.pdf‎|Slides Vorlesung NMR Strukturbestimmung]], 7. Dezember 2020
+* [[Media:191118_BPCIVVorlesungNMRStrukturbestimmung.pdf‎|Slides Vorlesung NMR Strukturbestimmung]], 18. November 2019
+* [[Media:181126_BPCIVVorlesungNMRStrukturbestimmung.pdf‎|Slides Vorlesung NMR Strukturbestimmung]], 26. November 2018
+* [[Media:171127_BPCIVVorlesungNMRStrukturbestimmung.pdf‎|Slides Vorlesung NMR Strukturbestimmung]], 27. November 2017
+* [[Media:151207_BPCIVVorlesungNMRStrukturbestimmung.pdf‎|NMR Strukturbestimmung]], 5. Dezember 2016
+* [[Media:151207_BPCIVVorlesungNMRStrukturbestimmung.pdf‎|NMR Strukturbestimmung]], 7. Dezember 2015
+* [[Media:121203_BPCIVVorlesungNMRStrukturbestimmung.pdf‎|NMR Strukturbestimmung]], 3. Dezember 2012
 * [[Media:091130_BPCIVVorlesungNMRStrukturbestimmung.pdf‎|NMR Strukturbestimmung]], 30. November 2009
-== Fortgeschrittenenpraktikum in Biophysikalischer Chemie (BPC II) ==
+== Fortgeschrittenenpraktikum in Biophysikalischer Chemie ==
-* [[Strukturrechnung mit CYANA]], [http://www.bcc.uni-frankfurt.de/ Beilstein Computer Center], 14. Januar 2010
+* [[Strukturrechnung mit CYANA]], 16-18. Dezember 2019
-* MD Simulation, [http://www.bcc.uni-frankfurt.de/ Beilstein Computer Center], 15. und 19. Januar 2010
+* [[Strukturrechnung mit CYANA (Dez 2018)]], 17-19. Dezember 2018
+* [[Strukturrechnung mit CYANA (Dez 2017)|Strukturrechnung mit CYANA]], [http://www.bcc.uni-frankfurt.de/ Beilstein Computer Center], 18-20. Dezember 2017
+* [[Strukturrechnung mit CYANA (Jan 2016)|Strukturrechnung mit CYANA]], [http://www.bcc.uni-frankfurt.de/ Beilstein Computer Center], 20-21. Januar 2016
+* [[Strukturrechnung mit CYANA (2015)|Strukturrechnung mit CYANA]], [http://www.bcc.uni-frankfurt.de/ Beilstein Computer Center], 14-15. Januar 2015
+* [[Strukturrechnung mit CYANA (2014)|Strukturrechnung mit CYANA]], [http://www.bcc.uni-frankfurt.de/ Beilstein Computer Center], 20-21. Januar 2014
+* [[Strukturrechnung mit CYANA (2012)|Strukturrechnung mit CYANA]], [http://www.bcc.uni-frankfurt.de/ Beilstein Computer Center], 23-25. Januar 2013
+* [[Strukturrechnung mit CYANA (2012)|Strukturrechnung mit CYANA]], [http://www.bcc.uni-frankfurt.de/ Beilstein Computer Center], 12/13. Januar 2012
+* [[Strukturrechnung mit CYANA (2010)|Strukturrechnung mit CYANA]], [http://www.bcc.uni-frankfurt.de/ Beilstein Computer Center], 26/27. Januar 2011
+* [[MD Simulation]], [http://www.bcc.uni-frankfurt.de/ Beilstein Computer Center], 15. und 19. Januar 2010
+* [[Strukturrechnung mit CYANA (2010)|Strukturrechnung mit CYANA]], [http://www.bcc.uni-frankfurt.de/ Beilstein Computer Center], 14. Januar 2010
 * [[Strukturrechnung mit CYANA (2009)|Strukturrechnung mit CYANA]], [http://www.bcc.uni-frankfurt.de/ Beilstein Computer Center], 13. Januar 2009
+== Strukturelle Bioinformatik (Masterstudiengang Biochemie) ==
+==== Moleküldynamik-Simulation von Proteinen ====
+* [[Media:190617 SkriptMD.pdf|Skript Vorlesung MD Simulation]], 17. Juni 2019
+* [[Media:190617 SlidesMD.pdf|Slides Vorlesung MD Simulation]], 17. Juni 2019
+* [[Media:190619 TutorialMD.pdf|Tutorial MD Simulation]], 17/19. Juni 2019
+* [[Media:190619 TutorialMDAntwortenFragen.pdf|Antworten zu Fragen im Tutorial MD Simulation]], 19. Juni 2019
+==== Strukturmodellierug von Proteinen ====
+* [[Media:190624 SlidesModellig.pdf|Slides Vorlesung Strukturmodellierug]], 24. Juni 2019
+* [[Media:190624 Tutorial Modelling.pdf|Tutorial Strukturmodellierung]], 24/26. Juni 2019
+* [[Media:190626 AntwortenFragenTutorialModelling.pdf|Antworten zu Fragen im Tutorial Strukturmodellierung]], 26. Juni 2019
+== Strukturelle Bioinformatik (Masterstudiengang Biochemie) ==
+==== Moleküldynamik-Simulation von Proteinen ====
+* [[Media:180618 SkriptMD.pdf|Skript Vorlesung MD Simulation]], 18. Juni 2018
+* [[Media:180618 SlidesMD.pdf|Slides Vorlesung MD Simulation]], 18. Juni 2018
+* [[Media:180618 TutorialMD.pdf|Tutorial MD Simulation]], 18/20. Juni 2018
+* [[Media:180627 AntwortenFragenTutorialMD.pdf|Antworten zu Fragen im Tutorial MD Simulation]], 27. Juni 2018
+==== Strukturmodellierug von Proteinen ====
+* [[Media:180625 SlidesModellig.pdf|Slides Vorlesung Strukturmodellierug]], 25. Juni 2018
+* [[Media:180625 Tutorial Modelling.pdf|Tutorial Strukturmodellierung]], 25/27. Juni 2018
+* [[Media:180627 AntwortenFragenTutorialModelling.pdf|Antworten zu Fragen im Tutorial Strukturmodellierung]], 27. Juni 2018
+Vorlesung: Hörsaal N100 1.14; Di 8:15-11:00, wenn nichts anderes angegeben
+* 15.04.2014 Aufbau von Proteinen (O. Mirus)
+* 22.04.2014 [[Media:140422 StrukturbestimmungXray.pdf|Proteinstrukturbestimmung mit Röntgenkristallographie]] (P. Güntert)
+* 29.04.2014 [[Media:140429 StrukturbestimmungNMR.pdf|Proteinstrukturbestimmung mit NMR Spektroskopie]] (P. Güntert)
+* 06-20.05.2013 [[Media:140506 MD Theorie.pdf|MD Simulation: Theorie]], [[Media:140506 Bewegungsgleichungen.pdf|Bewegungsgleichungen]], [[Media:140513 Erhaltungsgroessen.pdf|Erhaltungsgrößen]], [[Media:140520 IntegrationBewegungsgleichungen.pdf|Integration der Bewegungsgleichungen, Temperatur- und Druckanpassung]] (P. Güntert)
+* 27.05. - 15.07.2013 MD Simulation Praxis, Strukturmodellierung und -vorhersage (O. Mirus)
+* 30.06.2014 [[Media:140630 Uebungsaufgaben.pdf|Übungsaufgaben]] (P. Güntert)
+* 08.07.2014 [[Media:140708 UebungsaufgabenLoesungen.pdf|Lösungen der Übungsaufgaben]] (P. Güntert)
+* 04.08.2014 Klausur (10:00-12:00, Otto-Stern-Zentrum Hörsaal H3)
+== Strukturelle Bioinformatik (Masterstudiengänge Bioinformatik und Biochemie) ==
+Vorlesung: Hörsaal N100 1.14; Di 8:15-11:00, wenn nichts anderes angegeben
+* 15.04.2014 Aufbau von Proteinen (O. Mirus)
+* 22.04.2014 [[Media:140422 StrukturbestimmungXray.pdf|Proteinstrukturbestimmung mit Röntgenkristallographie]] (P. Güntert)
+* 29.04.2014 [[Media:140429 StrukturbestimmungNMR.pdf|Proteinstrukturbestimmung mit NMR Spektroskopie]] (P. Güntert)
+* 06-20.05.2013 [[Media:140506 MD Theorie.pdf|MD Simulation: Theorie]], [[Media:140506 Bewegungsgleichungen.pdf|Bewegungsgleichungen]], [[Media:140513 Erhaltungsgroessen.pdf|Erhaltungsgrößen]], [[Media:140520 IntegrationBewegungsgleichungen.pdf|Integration der Bewegungsgleichungen, Temperatur- und Druckanpassung]] (P. Güntert)
+* 27.05. - 15.07.2013 MD Simulation Praxis, Strukturmodellierung und -vorhersage (O. Mirus)
+* 30.06.2014 [[Media:140630 Uebungsaufgaben.pdf|Übungsaufgaben]] (P. Güntert)
+* 08.07.2014 [[Media:140708 UebungsaufgabenLoesungen.pdf|Lösungen der Übungsaufgaben]] (P. Güntert)
+* 04.08.2014 Klausur (10:00-12:00, Otto-Stern-Zentrum Hörsaal H3)
+== Aspekte der Thermodynamik in der Strukturbiologie (BPC I) - Einführung in die statistische Physik ==
+Beginn: 25.10.2012
+== Strukturelle Modellierung (Masterstudiengang Bioinformatik) ==
+Vorlesung: Hörsaal N100 1.14; Di 8:15-11:00, wenn nichts anderes angegeben
+* 16.04.2013 Aufbau von Proteinen (O. Mirus)
+* 23.04.2013 [[Media:130423 StrukturbestimmungXrayL.pdf|Proteinstrukturbestimmung mit Röntgenkristallographie]] (P. Güntert)
+* 30.04.2013 [[Media:130430 StrukturbestimmungNMRL.pdf|Proteinstrukturbestimmung mit NMR Spektroskopie]] (P. Güntert)
+* 07-21.05.2013 [[Media:130507 MD TheorieL.pdf|MD Simulation: Theorie]] (P. Güntert)
+* 28.05. - 9.07.2013 MD Simulation Praxis, Strukturmodellierung und -vorhersage (O. Mirus)
+* 16.07.2013 Klausur
+* 26.04.2012 Proteinstrukturbestimmung mit Röntgenkristallographie/NMR (P. Güntert)
+* 03.05.2012 Proteinstrukturbestimmung mit NMR (P. Güntert)
+* 10.05.2012 Moleküldynamiksimulation: Theorie ('''N260 3.13'''; P. Güntert)
+* 24.05.2012 Moleküldynamiksimulation: Theorie (P. Güntert)
+* 31.05.2012 Moleküldynamiksimulation: Anwendungen (O. Mirus)
+* 14.06.2012 Moleküldynamiksimulation: Anwendungen (O. Mirus)
+* 21.06.2012 Strukturvorhersage (O. Mirus)
+* 28.06.2012 Strukturvorhersage (O. Mirus)
+* 05.07.2012 Strukturvorhersage (O. Mirus)
+* 12.07.2012 Klausur
+* Do 24.05.2012 Aufbau von Proteinen (O. Mirus)
+* Do 31.05.2012 Strukturvorhersage (O. Mirus)
+* '''Mo''' 11.06.2012 [http://www.bpc.uni-frankfurt.de/guentert/Reprints/120611_Strukturbestimmung.pdf Proteinstrukturbestimmung mit Röntgenkristallographie und NMR] (P. Güntert; '''Blockkurs 9:00-17:00''')
+* '''Di''' 12.06.2012 [http://www.bpc.uni-frankfurt.de/guentert/Reprints/120612_MD_Theorie.pdf Moleküldynamiksimulation: Theorie] (P. Güntert; '''Blockkurs 9:00-17:00''')
+* Do 14.06.2012 Moleküldynamiksimulation: Anwendungen (O. Mirus)
+* Do 21.06.2012 Moleküldynamiksimulation: Anwendungen (O. Mirus)
+* Do 28.06.2012 Strukturvorhersage (O. Mirus)
+* Do 05.07.2012 Strukturvorhersage (O. Mirus)
+* Do 12.07.2012 Klausur
+Uebungen: Mi 10:00-17:00, N100 0.12c (Beilstein-Zentrum)
+* 20.06.2012 MD Simulation mit [http://www.yasara.org/ YASARA]
+* 27.06.2012 MD Simulation mit YASARA
+[https://qis.server.uni-frankfurt.de/qisserver/rds?state=verpublish&status=init&vmfile=no&moduleCall=webInfo&publishConfFile=webInfo&publishSubDir=veranstaltung&veranstaltung.veranstid=83818 Eintrag im Vorlesungsverzeichnis]
+[http://www.cs.uni-frankfurt.de/index.php/de/studierende-studiengaenge/studierende-studiengaenge-master-bioinformatik.html Masterstudiengang Bioinformatik]
+== Anfängerpraktikum in Biophysikalischer Chemie ==
+* [[Media:DockingSkript2013.pdf|Docking]] ([http://www.bpc.uni-frankfurt.de/guentert/Download/bpc1docking2013.tgz Daten]), [http://www.bcc.uni-frankfurt.de/ Beilstein Computer Center], 26. März und 3. April 2013 (Vorbesprechung 19/20. März 2013)
+* [[Media:100224_DockingAnleitung.pdf|Docking]], [http://www.bcc.uni-frankfurt.de/ Beilstein Computer Center], 5. und 12. März 2010 (Vorbesprechung 3. bzw. 10. März 2010)
+== Aspekte der Thermodynamik in der Strukturbiologie (BPC I) - Einführung in die Bioinformatik ==
+* 19.10.2012 [[Media:121019 Introduction.pdf‎|Einführung]]
+* 26.10.2012 [[Media:121026 FindingInformation.pdf‎|Finding information: Literature, Proteins, Alignments]]
+* 02.11.2012 [[Media:121102 PairwiseAlignment.pdf‎|Pairwise Sequence Alignment]]
+* 09.11.2012 [[Media:121102 ScoringOfAlignments.pdf‎|Scoring of Alignments]]
+* 30.11.2012 [[Media:121130 AlignmentAlgorithms.pdf‎|Alignment Algorithms]]
+* 07.12.2012 [[Media:121207 AlignmentSignificance.pdf‎|BLAST and Alignment Significance]]
+* 14.12.2012 [[Media:121214 Phylogeny.pdf‎|Phylogeny]]
+* 21.12.2012 [[Media:121221 Uebung.pdf‎|Übungsaufgaben]]
+* 18.01.2013 [[Media:130118 UebungLoesungen.pdf‎|Lösungen der Übungsaufgaben]]
+* 25.01.2013 [[Media:130125 ProteinDataBank.pdf‎|Protein Data Bank (PDB)]]
+* 08.02.2013 [[Media:130208 ProteinStructureSimilarity.pdf‎|Protein Structure Similarity]]
+* 15.02.2013 [[Media:130215 ProteinModeling.pdf‎|Structure Modeling]]
+== Strukturelle Modellierung (Masterstudiengang Bioinformatik) ==
+Vorlesung: Hörsaal N100 1.14; Do 8:00-11:00, wenn nichts anderes angegeben
+* 12.04.2012 Aufbau von Proteinen (O. Mirus)
+* 19.04.2012 Proteinstrukturbestimmung mit Röntgenkristallographie ('''N260 3.13'''; P. Güntert)
+* 26.04.2012 Proteinstrukturbestimmung mit Röntgenkristallographie/NMR (P. Güntert)
+* 03.05.2012 Proteinstrukturbestimmung mit NMR (P. Güntert)
+* 10.05.2012 Moleküldynamiksimulation: Theorie ('''N260 3.13'''; P. Güntert)
+* 24.05.2012 Moleküldynamiksimulation: Theorie (P. Güntert)
+* 31.05.2012 Moleküldynamiksimulation: Anwendungen (O. Mirus)
+* 14.06.2012 Moleküldynamiksimulation: Anwendungen (O. Mirus)
+* 21.06.2012 Strukturvorhersage (O. Mirus)
+* 28.06.2012 Strukturvorhersage (O. Mirus)
+* 05.07.2012 Strukturvorhersage (O. Mirus)
+* 12.07.2012 Klausur
+* Do 24.05.2012 Aufbau von Proteinen (O. Mirus)
+* Do 31.05.2012 Strukturvorhersage (O. Mirus)
+* '''Mo''' 11.06.2012 [http://www.bpc.uni-frankfurt.de/guentert/Reprints/120611_Strukturbestimmung.pdf Proteinstrukturbestimmung mit Röntgenkristallographie und NMR] (P. Güntert; '''Blockkurs 9:00-17:00''')
+* '''Di''' 12.06.2012 [http://www.bpc.uni-frankfurt.de/guentert/Reprints/120612_MD_Theorie.pdf Moleküldynamiksimulation: Theorie] (P. Güntert; '''Blockkurs 9:00-17:00''')
+* Do 14.06.2012 Moleküldynamiksimulation: Anwendungen (O. Mirus)
+* Do 21.06.2012 Moleküldynamiksimulation: Anwendungen (O. Mirus)
+* Do 28.06.2012 Strukturvorhersage (O. Mirus)
+* Do 05.07.2012 Strukturvorhersage (O. Mirus)
+* Do 12.07.2012 Klausur
+Uebungen: Mi 10:00-17:00, N100 0.12c (Beilstein-Zentrum)
+* 20.06.2012 MD Simulation mit [http://www.yasara.org/ YASARA]
+* 27.06.2012 MD Simulation mit YASARA
+[https://qis.server.uni-frankfurt.de/qisserver/rds?state=verpublish&status=init&vmfile=no&moduleCall=webInfo&publishConfFile=webInfo&publishSubDir=veranstaltung&veranstaltung.veranstid=83818 Eintrag im Vorlesungsverzeichnis]
+[http://www.cs.uni-frankfurt.de/index.php/de/studierende-studiengaenge/studierende-studiengaenge-master-bioinformatik.html Masterstudiengang Bioinformatik]
+== Aspekte der Thermodynamik in der Strukturbiologie (BPC I) ==
+* 21.10.2011 [[Media:111021_Konformation_von_Polypeptiden.pdf‎|Konformation von Polypeptiden]]
+* 04.11.2011 [[Media:111104_Struktur_von_Proteinen.pdf|Struktur von Proteinen]]
+* 18.11.2011 [[Media:111118_Primaerstruktur.pdf|Primärstruktur]]
+* 02.12.2011 [[Media:111202_Sekundaerstrukturvorhersage.pdf|Nicht-regelmäßige Sekundärstruktur, Sekundärstrukturvorhersage, Strukturmotive]]
+* 09.12.2011 [[Media:111209_Proteinstrukturklassen.pdf|Strukturklassen und α-helikale Proteine]]
+* 13.01.2012 [[Media:120113_BetaBlattProteine.pdf|β-Blatt Proteine]]
+* 27.01.2012 [[Media:120127_Oligomere.pdf|Oligomere]]
+* 03.02.2012 [[Media:120203_ProteinDataBank.pdf|Protein Data Bank (PDB)]]
+* 10.02.2012 [[Media:120210_StructureAnalysisTools.pdf|Strukturanalysetools und Strukturvorhersage]]
 == Computergestützte Strukturbiologie (Strukturelle Bioinformatik) ==
@@ Line 27: / Line 255: @@
 Prüfungstermine zu dieser Vorlesung sind nur noch am 10.12.2009 möglich.
 Terminvereinbarung zur mündlichen Prüfung bitte im Sekretariat Biophysikalische Chemie, Biozentrum Raum N230 1.04, bei [mailto:s.fachinger@bpc.uni-frankfurt.de Frau Sigrid Oğuzer-Fachinger], Tel. 069 798 29630.
+-->
-[https://qis.server.uni-frankfurt.de/qisserver/rds?state=verpublish&status=init&vmfile=no&moduleCall=webInfo&publishConfFile=webInfoPerson&publishSubDir=personal&personal.pid=2667&menuid=&topitem=members&subitem=#treeview Eintrag im Hochschulinformationssystem HISQIS]
+[https://qis.server.uni-frankfurt.de/qisserver/rds?state=verpublish&status=init&vmfile=no&moduleCall=webInfo&publishConfFile=webInfoPerson&publishSubDir=personal&personal.pid=2667&menuid=&topitem=members&subitem=#treeview Eintrag im Vorlesungsverzeichnis]

Teaching

Latest revision as of 09:21, 3 June 2024

Views

Personal tools

Navigation

Related

Intranet

Toolbox

About

Search

Create Account